在剧情模式基础上做了升级。
挑战模式的状态是以剧情模式通关时为准，收容目标和员工状态都是通关时的那些，并且不会增加员工或收容目标的数量，所以人员更加珍贵了。
游戏的要点就是尽量避免员工死亡，因为目前没有任何牺牲员工来换取巨大利益的选项，一旦有人要死了或者发疯了，不要犹豫，从检查点重新开始吧，除非你已经快通关了并且不打算以这一局的局势来继续玩挑战模式，因为挑战模式不会继续获得新员工并且没有保存点，故事模式的保存点是每有一个新区域开启，就是一次保存。
使用备份功能、系统恢复功能和第三方软件。
1、文件被意外删除或者被修改，脑叶公司可以使用记忆库的备份功能，将记忆库中的文件还原到以前的状态。
2、系统出现故障，脑叶公司可以使用系统恢复功能，将系统恢复到以前的状态。
3、尝试使用第三方软件，如果有备份，可以使用备份恢复记忆库中的文件。
“～”键呼出控制台，回车（Enter）执行，没有安装BaseMod的且不是legacy版输入指令前面要加“rimi”。
代码中的a为数字，b为字符，c为异想体序号（收容顺序），d为员工编号（雇佣顺序）。
e为boss名字Malkut、Yesod、Hod、Netzach、Tiphereth1、Tiphereth2、Geburah、Chesed、Binah、Chokhmah、Kether、Daat、Dummy。
f为伤害类型r、w、b、p，g为装备编号，h为语言编号bg、cn、cn_tr、en、es、jp、kr、ru、vn，i为任务编号，j为异想体编号。
creature addfeeling c/b a (输入c a时增加c异想体a心情，输入b a时增加所有异想体a心情）。
creature subfeeling c/b a (输入c a时设置c异想体为a心情，输入b a时设置所有异想体为a心情）。
creature setobservable c/b (输入c时开启／关闭c异想体的观察，输入b时开启／关闭所有异想体的观察）。
creature takephysicaldamage c a (对c异想体造成a物理伤害）。
creature cakeislie a/ b a (只输入a时所有异想体增加a pebox，输入b a时所有异想体增加a pebox并使逆卡巴拉计数器减一）。
脑叶公司背景：
世界仅剩下将人类联系在一起的26个奇点，除开人类唯一剩下的聚集地，世界的其它地方不是难以生存，就是充斥着各种非人的怪物，这便是‘异想体’。
在这唯一的聚集地暂且叫做“都市”，“都市”被大致分为25个部分，被叫做“巢”。***的24个“巢”由24家公司控制，这些公司被叫做“翼”，中心的1个区域则由“首脑”支配每一家“翼”至少拥有一项奇点技术，这是成为“翼”的先决条件。
生活在“巢”中的人，可以享受各式各样的物质生活，获得无穷无尽的***。而生存于“后巷”的人们则苦不堪言，这里不仅经常发生战争，也会出没“清道夫”，“吸血鬼”一类的怪物。
在这个世界里，虽然拥有前沿的科技，但人类的精神早已千疮百孔。一切都在进化，可人类的精神却过于迟缓没能跟上发展。人类抛弃了曾经的信念，把许多曾经支撑着自己的东西当做微不足道的垃圾。现在没人会怀揣梦想，人们不再相信任何事情，也不再对奇迹抱有希望。
市场。《脑叶公司》的奇特之处就在于，在不查攻略，不上wiki百科，不重复回档的前提下，正常人不能在一周目打通主线，这就是脑叶公司必将失去市场的原因。《脑叶公司》是由ProjectMoon制作的一款策略模拟游戏，于2016年12月17日发行测试版，2018年4月9日发布正式版，续作为《废墟图书馆》。
